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diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/DefaultFormService.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/DefaultFormService.java new file mode 100644 index 0000000..4240809 --- /dev/null +++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/DefaultFormService.java @@ -0,0 +1,37 @@ +package dev.dnpm.services; + +import dev.dnpm.exceptions.FormException; +import org.springframework.jdbc.core.JdbcTemplate; + +import javax.sql.DataSource; +import java.util.List; + +/** + * Standardimplementierung zum Ermitteln von Unter- und Hauptformularen + * + * @since 0.0.2 + */ +public class DefaultFormService implements FormService { + + private final JdbcTemplate jdbcTemplate; + + public DefaultFormService(final DataSource dataSource) { + this.jdbcTemplate = new JdbcTemplate(dataSource); + } + + @Override + public int getMainFormProcedureId(int procedureId) throws FormException { + var sql = "SELECT hauptprozedur_id FROM prozedur WHERE id = ?"; + try { + return jdbcTemplate.queryForObject(sql, (resultSet, i) -> resultSet.getInt("hauptprozedur_id"), procedureId); + } catch (Exception e) { + throw new FormException(String.format("No main form found for subform with ID '%d'", procedureId)); + } + } + + @Override + public List<Integer> getSubFormProcedureIds(int procedureId) { + var sql = "SELECT id FROM prozedur WHERE hauptprozedur_id = ?"; + return jdbcTemplate.queryForList(sql, Integer.class, procedureId); + } +} diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/DefaultStudienService.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/DefaultStudienService.java new file mode 100644 index 0000000..5c65842 --- /dev/null +++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/DefaultStudienService.java @@ -0,0 +1,78 @@ +package dev.dnpm.services; + +import dev.dnpm.dto.Studie; +import org.springframework.jdbc.core.JdbcTemplate; + +import javax.sql.DataSource; +import java.util.List; +import java.util.stream.Collectors; + +/** + * Standardimplementierung zum Ermitteln von Studien + * + * @since 0.0.2 + */ +public class DefaultStudienService implements StudienService { + + private final JdbcTemplate jdbcTemplate; + + public DefaultStudienService(final DataSource dataSource) { + this.jdbcTemplate = new JdbcTemplate(dataSource); + } + + @Override + public List<Studie> findAll() { + var sql = "SELECT pcc.name, pcv.version_number, TRIM(studie.studien_nummer) AS studien_nummer, studie.startdatum, studie.endedatum, pcve.code, pcve.shortdesc, pcve.description, studie.aktiv FROM studie " + + "LEFT JOIN category_entry ce ON ce.version_entry_id = studie.property_version_entry " + + "LEFT JOIN property_catalogue_category pcc ON pcc.id = ce.category_id " + + "JOIN property_catalogue_version_entry pcve ON pcve.id = studie.property_version_entry " + + "JOIN property_catalogue_version pcv ON pcv.id = pcve.property_version_id " + + "JOIN property_catalogue pc ON pc.id = pcv.datacatalog_id " + + "WHERE pc.name = 'OS.Studien'" + + "ORDER BY TRIM(studie.studien_nummer)"; + + return this.jdbcTemplate.query(sql, (resultSet, i) -> new Studie( + resultSet.getString("name"), + resultSet.getInt("version_number"), + resultSet.getString("code"), + resultSet.getString("studien_nummer"), + resultSet.getString("shortdesc"), + resultSet.getString("description"), + resultSet.getBoolean("aktiv") + )); + } + + @Override + public List<Studie> findByQuery(String query) { + var sql = "SELECT pcc.name, pcv.version_number, TRIM(studie.studien_nummer) AS studien_nummer, studie.startdatum, studie.endedatum, pcve.code, pcve.shortdesc, pcve.description, studie.aktiv FROM studie " + + "LEFT JOIN category_entry ce ON ce.version_entry_id = studie.property_version_entry " + + "LEFT JOIN property_catalogue_category pcc ON pcc.id = ce.category_id " + + "JOIN property_catalogue_version_entry pcve ON pcve.id = studie.property_version_entry " + + "JOIN property_catalogue_version pcv ON pcv.id = pcve.property_version_id " + + "JOIN property_catalogue pc ON pc.id = pcv.datacatalog_id " + + "WHERE pc.name = 'OS.Studien' AND (pcve.shortdesc LIKE ? OR pcve.description LIKE ? OR studie.studien_nummer LIKE ?)" + + "ORDER BY TRIM(studie.studien_nummer)"; + + var like = String.format("%%%s%%", query); + + return this.jdbcTemplate.query(sql, new Object[]{like, like, like}, (resultSet, i) -> new Studie( + resultSet.getString("name"), + resultSet.getInt("version_number"), + resultSet.getString("code"), + resultSet.getString("studien_nummer"), + resultSet.getString("shortdesc"), + resultSet.getString("description"), + resultSet.getBoolean("aktiv") + )); + } + + @Override + public List<Studie> findActive() { + return findAll().stream().filter(Studie::isActive).collect(Collectors.toList()); + } + + @Override + public List<Studie> findActiveByQuery(String query) { + return findByQuery(query).stream().filter(Studie::isActive).collect(Collectors.toList()); + } +} diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/FormService.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/FormService.java new file mode 100644 index 0000000..e400516 --- /dev/null +++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/FormService.java @@ -0,0 +1,51 @@ +package dev.dnpm.services; + +import dev.dnpm.exceptions.FormException; +import de.itc.onkostar.api.Procedure; +import de.itc.onkostar.api.constants.JaNeinUnbekannt; + +import java.util.List; + +public interface FormService { + + /** + * Diese Methode übergibt die Prozedur-ID des zugehörigen Hauptformulars zu einem Unterformular + * Siehe auch: <a href="https://github.com/CCC-MF/onkostar-plugin-forminfo/blob/master/src/main/java/de/ukw/ccc/onkostar/forminfo/services/FormInfoService.java">FormInfoService.java</a> + * + * @param procedureId Die Prozedur-ID des Unterformulars + * @return Die Prozedur-ID des zugehörigen Hauptformulars + * @throws FormException Wird geworfen, wenn ein Fehler auftrat + */ + int getMainFormProcedureId(int procedureId) throws FormException; + + /** + * Diese Methode übergibt die Prozedur-IDs von Unterformularen zu einem Formular + * Siehe auch: <a href="https://github.com/CCC-MF/onkostar-plugin-forminfo/blob/master/src/main/java/de/ukw/ccc/onkostar/forminfo/services/FormInfoService.java">FormInfoService.java</a> + * + * @param procedureId Die Prozedur-ID des Formulars + * @return Eine Liste mit Prozedur-IDs der Unterformulare + */ + List<Integer> getSubFormProcedureIds(int procedureId); + + /** + * Prüft, ob ein Formularfeld in der Prozedur einen Wert hat oder null ist + * @param procedure Die zu prüfende Prozedur + * @param fieldName Der Formularfeldname + * @return Gibt <code>true</code> zurück, wenn das Feld einen Wert hat + */ + static boolean hasValue(final Procedure procedure, final String fieldName) { + return null != procedure.getValue(fieldName); + } + + /** + * Prüft, ob ein Formularfeld mit Ja/Nein/Unbekannt den Wert Ja hat + * @param procedure Die zu prüfende Prozedur + * @param fieldName Der Formularfeldname + * @return Gibt <code>true</code> zurück, wenn das Feld den Wert "Ja" hat + */ + static boolean isYes(final Procedure procedure, final String fieldName) { + return hasValue(procedure, fieldName) + && procedure.getValue(fieldName).getString().equals(JaNeinUnbekannt.JA.getCode()); + } + +} diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/SettingsService.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/SettingsService.java new file mode 100644 index 0000000..8aa5f6b --- /dev/null +++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/SettingsService.java @@ -0,0 +1,47 @@ +package dev.dnpm.services; + +import dev.dnpm.database.SettingsRepository; + +import java.util.Optional; + +/** + * Implementiert den Dienst zur Ermittlung von Systemeinstellungen + */ +public class SettingsService { + + private final SettingsRepository settingsRepository; + + public SettingsService(final SettingsRepository settingsRepository) { + this.settingsRepository = settingsRepository; + } + + /** + * Übergibt ein <code>Optional</code> für die Einstellung mit angegebenen Namen + * @param name Name der Einstellung + * @return Optional mit Wert der Einstellung oder ein leeres Optional, wenn Einstellung nicht gefunden + */ + public Optional<String> getSetting(String name) { + var sid = settingsRepository.findByName(name); + if (null == sid) { + return Optional.empty(); + } + return Optional.of(sid.getValue()); + } + + /** + * Übergibt die SID als <code>Optional</code> + * @return Optional mit Wert der SID + */ + public Optional<String> getSID() { + return getSetting("SID"); + } + + /** + * Übergibt die Einstellung für <code>mehrere_mtb_in_mtbepisode</code> + * @return Übergibt <code>true</code>, wenn <code>mehrere_mtb_in_mtbepisode</code> auf "Ja" gesetzt ist. + */ + public boolean multipleMtbsInMtbEpisode() { + var setting = getSetting("mehrere_mtb_in_mtbepisode"); + return setting.isPresent() && setting.get().equals("true"); + } +} diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/StudienService.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/StudienService.java new file mode 100644 index 0000000..c07b1c7 --- /dev/null +++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/StudienService.java @@ -0,0 +1,39 @@ +package dev.dnpm.services; + +import dev.dnpm.dto.Studie; + +import java.util.List; + +public interface StudienService { + + /** + * Übergibt eine Liste mit allen Studien + * + * @return Liste mit allen Studien + */ + List<Studie> findAll(); + + /** + * Übergibt eine Liste mit Studien, deren (Kurz-)Beschreibung oder Studiennummer den übergebenen Wert enthalten + * + * @param query Wert der enthalten sein muss + * @return Gefilterte Liste mit Studien + */ + List<Studie> findByQuery(String query); + + /** + * Übergibt eine Liste mit aktiven Studien + * + * @return Liste mit aktiven Studien + */ + List<Studie> findActive(); + + /** + * Übergibt eine Liste mit aktiven Studien, deren (Kurz-)Beschreibung oder Studiennummer den übergebenen Wert enthalten + * + * @param query Wert der enthalten sein muss + * @return Gefilterte Liste mit aktiven Studien + */ + List<Studie> findActiveByQuery(String query); + +} diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/TherapieMitEcogService.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/TherapieMitEcogService.java new file mode 100644 index 0000000..865d11a --- /dev/null +++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/TherapieMitEcogService.java @@ -0,0 +1,30 @@ +package dev.dnpm.services; + +import dev.dnpm.dto.EcogStatusWithDate; +import de.itc.onkostar.api.Patient; + +import java.util.List; +import java.util.Optional; + +/** + * Schnittstelle zum Ermitteln von ECOG-Statusinformationen + * + * @since 0.6.0 + */ +public interface TherapieMitEcogService { + + /** + * Ermittelt den letzten bekannten ECOG-Status aus allen Therapieformularen des Patienten + * @param patient Der zu verwendende Patient + * @return Der ECOG-Status als String oder leeres Optional + */ + Optional<String> latestEcogStatus(Patient patient); + + /** + * Ermittelt jeden bekannten ECOG-Status aus allen Therapieformularen des Patienten + * @param patient Der zu verwendende Patient + * @return Eine Liste mit Datum und ECOG-Status als String + */ + List<EcogStatusWithDate> ecogStatus(Patient patient); + +} diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/consent/ConsentManagerService.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/consent/ConsentManagerService.java new file mode 100644 index 0000000..abbc702 --- /dev/null +++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/consent/ConsentManagerService.java @@ -0,0 +1,27 @@ +package dev.dnpm.services.consent; + +import de.itc.onkostar.api.Procedure; + +/** + * Schnittstelle für die Anwendung von Consent-Änderungen + * + * @since 0.2.0 + */ +public interface ConsentManagerService { + + /** + * Wende Consent an, wenn dieses Consent-Formular gespeichert wird + * @param procedure Prozedur des Consent-Formulars + */ + void applyConsent(Procedure procedure); + + /** + * Optionale Prüfung, ob die angegebene Prozedur angewendet werden kann. + * @param procedure Anzuwendende Prozedur + * @return Gibt <code>true</code> zurück, wenn die Prozedur angewendet werden kann. + */ + default boolean canApply(Procedure procedure) { + return null != procedure; + } + +} diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/consent/ConsentManagerServiceFactory.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/consent/ConsentManagerServiceFactory.java new file mode 100644 index 0000000..b3f9497 --- /dev/null +++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/consent/ConsentManagerServiceFactory.java @@ -0,0 +1,28 @@ +package dev.dnpm.services.consent; + +import de.itc.onkostar.api.IOnkostarApi; + +public class ConsentManagerServiceFactory { + + private final IOnkostarApi onkostarApi; + + public ConsentManagerServiceFactory( + final IOnkostarApi onkostarApi + ) { + this.onkostarApi = onkostarApi; + } + + public ConsentManagerService currentUsableInstance() { + var consentFormName = onkostarApi.getGlobalSetting("consentform"); + + switch (consentFormName) { + case "Excel-Formular": + return new UkwConsentManagerService(this.onkostarApi); + case "MR.Consent": + return new MrConsentManagerService(this.onkostarApi); + default: + return procedure -> {}; + } + } + +} diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/consent/MrConsentManagerService.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/consent/MrConsentManagerService.java new file mode 100644 index 0000000..e4d88e2 --- /dev/null +++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/consent/MrConsentManagerService.java @@ -0,0 +1,126 @@ +package dev.dnpm.services.consent; + +import dev.dnpm.VerweisVon; +import de.itc.onkostar.api.IOnkostarApi; +import de.itc.onkostar.api.Item; +import de.itc.onkostar.api.Procedure; +import org.hibernate.SQLQuery; +import org.hibernate.Session; +import org.hibernate.SessionFactory; +import org.hibernate.transform.Transformers; +import org.hibernate.type.StandardBasicTypes; +import org.slf4j.Logger; +import org.slf4j.LoggerFactory; + +import java.util.List; +import java.util.Map; + +/** + * Detailimplementierung für das Formular `MR.Consent` + * + * @since 0.2.0 + */ +public class MrConsentManagerService implements ConsentManagerService { + + private final Logger logger = LoggerFactory.getLogger(this.getClass()); + + private final IOnkostarApi onkostarApi; + + public MrConsentManagerService(final IOnkostarApi onkostarApi) { + this.onkostarApi = onkostarApi; + } + + @Override + public boolean canApply(Procedure procedure) { + return null != procedure && procedure.getFormName().equals("MR.Consent"); + } + + /** + * Wende Consent an, wenn dieses Consent-Formular gespeichert wird + * + * @param procedure Prozedur des Consent-Formulars + */ + @Override + public void applyConsent(Procedure procedure) { + int value = 0; + try { + SessionFactory sessionFactory = onkostarApi.getSessionFactory(); + Session session = sessionFactory.getCurrentSession(); + // geänderte Werte checken + String sql1 = "select id, max(timestamp) AS datum from aenderungsprotokoll where entity_id = '" + procedure.getId() + "'"; + SQLQuery query1 = session.createSQLQuery(sql1) + .addScalar("id", StandardBasicTypes.INTEGER) + .addScalar("datum", StandardBasicTypes.TIMESTAMP); + logger.info("Wert-Check: {}", query1.uniqueResult()); + + String sql = "SELECT prozedur.id AS procedure_id, prozedur.data_form_id, data_catalogue.name AS data_catalogue, data_catalogue_entry.name AS data_catalogue_entry, data_form.description AS formname, prozedur.beginndatum AS datum " + + "FROM prozedur " + + "LEFT JOIN data_form_data_catalogue ON data_form_data_catalogue.data_form_id = prozedur.data_form_id " + + "LEFT JOIN data_catalogue_entry ON data_catalogue_entry.data_catalogue_id = data_form_data_catalogue.data_catalogue_id " + + "LEFT JOIN data_catalogue ON data_catalogue.id = data_catalogue_entry.data_catalogue_id " + + "LEFT JOIN data_form ON data_form.id = prozedur.data_form_id " + + "WHERE patient_id = " + procedure.getPatientId() + " " + + "AND geloescht = 0 " + + "AND data_catalogue_entry.type = 'formReference' " + + "GROUP BY prozedur.id, prozedur.data_form_id, data_catalogue.name, data_catalogue_entry.name"; + + SQLQuery query = session.createSQLQuery(sql) + .addScalar("procedure_id", StandardBasicTypes.INTEGER) + .addScalar("data_form_id", StandardBasicTypes.INTEGER) + .addScalar("data_catalogue", StandardBasicTypes.STRING) + .addScalar("data_catalogue_entry", StandardBasicTypes.STRING) + .addScalar("formname", StandardBasicTypes.STRING) + .addScalar("datum", StandardBasicTypes.DATE); + + query.setResultTransformer(Transformers.aliasToBean(VerweisVon.class)); + + @SuppressWarnings("unchecked") + List<VerweisVon> result = query.list(); + + for (VerweisVon verweisVon : result) { + sql = verweisVon.getSQL(); + query = session.createSQLQuery(sql) + .addScalar("value", StandardBasicTypes.INTEGER); + if (query.uniqueResult() != null) { + value = (Integer) query.uniqueResult(); + } + if (value == procedure.getId()) { + saveReferencedProcedure(procedure, verweisVon); + value = 0; + } + } + } catch (RuntimeException e) { + logger.error("Sonstiger Fehler bei der Ausführung von analyze()", e); + } + } + + private void saveReferencedProcedure(Procedure prozedur, VerweisVon verweisVon) { + Procedure andereprozedur = onkostarApi.getProcedure(verweisVon.getProcedure_id()); + try { + Map<String, Item> felder = prozedur.getAllValues(); + for (Map.Entry<String, Item> feld : felder.entrySet()) { + if (feld.getKey().startsWith("Consent")) { + if (feld.getKey().equals("ConsentStatusEinwilligungDNPM")) { + switch (feld.getValue().getValue().toString()) { + case "z": + andereprozedur.setValue(feld.getKey(), new Item(feld.getKey(), "active")); + break; + case "a": + case "w": + andereprozedur.setValue(feld.getKey(), new Item(feld.getKey(), "rejected")); + break; + default: + break; + } + } else { + andereprozedur.setValue(feld.getKey(), prozedur.getValue(feld.getKey())); + } + } + } + onkostarApi.saveProcedure(andereprozedur); + } catch (Exception e) { + logger.error("Kann Prozedur nicht speichern", e); + } + } + +} diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/consent/UkwConsentManagerService.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/consent/UkwConsentManagerService.java new file mode 100644 index 0000000..d6697d6 --- /dev/null +++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/consent/UkwConsentManagerService.java @@ -0,0 +1,72 @@ +package dev.dnpm.services.consent; + +import de.itc.onkostar.api.IOnkostarApi; +import de.itc.onkostar.api.Item; +import de.itc.onkostar.api.Procedure; +import org.slf4j.Logger; +import org.slf4j.LoggerFactory; + +import java.util.Comparator; + +/** + * Detailimplementierung für das Formular `Excel-Formular` + * + * @since 0.2.0 + */ +public class UkwConsentManagerService implements ConsentManagerService { + + private final Logger logger = LoggerFactory.getLogger(this.getClass()); + + private final IOnkostarApi onkostarApi; + + public UkwConsentManagerService(final IOnkostarApi onkostarApi) { + this.onkostarApi = onkostarApi; + } + + @Override + public boolean canApply(Procedure procedure) { + return null != procedure && procedure.getFormName().equals("Excel-Formular"); + } + + /** + * Wende Consent an, wenn dieses Consent-Formular gespeichert wird + * + * @param procedure Prozedur des Consent-Formulars + */ + @Override + public void applyConsent(Procedure procedure) { + var refdnpmklinikanamnese = procedure.getValue("refdnpmklinikanamnese").getInt(); + var dnpmKlinikAnamnese = this.onkostarApi.getProcedure(refdnpmklinikanamnese); + + if (null == dnpmKlinikAnamnese) { + return; + } + + var consents = procedure.getSubProceduresMap().get("ufdnpmconsent"); + + if (null == consents) { + return; + } + + consents.stream() + .max(Comparator.comparing(Procedure::getStartDate)) + .ifPresent(lastConsent -> { + var date = lastConsent.getStartDate(); + var status = lastConsent.getValue("status"); + if (null == date || null == status || status.getString().isBlank()) { + logger.warn("Kein DNPM-Einwilligungstatus angegeben"); + return; + } + + dnpmKlinikAnamnese.setValue("ConsentStatusEinwilligungDNPM", new Item("Einwilligung", status.getString())); + dnpmKlinikAnamnese.setValue("ConsentDatumEinwilligungDNPM", new Item("DatumEinwilligung", date)); + + try { + onkostarApi.saveProcedure(dnpmKlinikAnamnese, false); + } catch (Exception e) { + logger.error("Kann DNPM-Einwilligungstatus nicht aktualisieren", e); + } + }); + } + +} diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/molekulargenetik/MolekulargenetikFormService.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/molekulargenetik/MolekulargenetikFormService.java new file mode 100644 index 0000000..127c24a --- /dev/null +++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/molekulargenetik/MolekulargenetikFormService.java @@ -0,0 +1,20 @@ +package dev.dnpm.services.molekulargenetik; + +import dev.dnpm.dto.Variant; +import de.itc.onkostar.api.Procedure; + +import java.util.List; + +/** + * Schnittstellenbeschreibung für Methoden zum Formular "OS.Molekulargenetik" + */ +public interface MolekulargenetikFormService { + + /** + * Ermittelt alle (unterstützten) Varianten zur Prozedur eines Formulars "OS.Molekulargenetik" + * @param procedure Die Prozedur zum Formular "OS.Molekulargenetik" + * @return Die unterstützten Varianten oder eine leere Liste, wenn keine Varianten gefunden wurden. + */ + List<Variant> getVariants(Procedure procedure); + +} diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/molekulargenetik/OsMolekulargenetikFormService.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/molekulargenetik/OsMolekulargenetikFormService.java new file mode 100644 index 0000000..1a9ed11 --- /dev/null +++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/molekulargenetik/OsMolekulargenetikFormService.java @@ -0,0 +1,45 @@ +package dev.dnpm.services.molekulargenetik; + +import dev.dnpm.dto.Variant; +import de.itc.onkostar.api.Procedure; + +import java.util.List; +import java.util.Optional; +import java.util.stream.Collectors; + +public class OsMolekulargenetikFormService implements MolekulargenetikFormService { + + /** + * Ermittelt alle (unterstützten) Varianten zur Prozedur eines Formulars "OS.Molekulargenetik" (oder Variante) + * Unterstützte Varianten sind: + * <uL> + * <li>Einfache Variante + * <li>CNV + * <li>Fusion + * @param procedure Die Prozedur zum Formular "OS.Molekulargenetik" (oder Variante) + * @return Die unterstützten Varianten oder eine leere Liste, wenn keine Varianten gefunden wurden. + */ + @Override + public List<Variant> getVariants(Procedure procedure) { + if (! procedureWithUsableFormVariant(procedure)) { + return List.of(); + } + + var subforms = procedure.getSubProceduresMap().get("MolekulargenetischeUntersuchung"); + if (null == subforms) { + return List.of(); + } + + return subforms.stream() + .map(Variant::fromProcedure) + .filter(Optional::isPresent) + .map(Optional::get) + .collect(Collectors.toList()); + + } + + private boolean procedureWithUsableFormVariant(Procedure procedure) { + return "OS.Molekulargenetik".equals(procedure.getFormName()) + || "UKER.Molekulargenetik".equals(procedure.getFormName()); + } +} diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/mtb/DefaultMtbService.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/mtb/DefaultMtbService.java new file mode 100644 index 0000000..d5433b8 --- /dev/null +++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/mtb/DefaultMtbService.java @@ -0,0 +1,70 @@ +package dev.dnpm.services.mtb; + +import de.itc.onkostar.api.IOnkostarApi; +import de.itc.onkostar.api.Procedure; + +import java.util.Comparator; +import java.util.List; +import java.util.Optional; +import java.util.stream.Collectors; +import java.util.stream.Stream; + +/** + * Standardimplementierung des MtbService + * + * @since 0.0.2 + */ +public class DefaultMtbService implements MtbService { + + private final IOnkostarApi onkostarApi; + + public DefaultMtbService(final IOnkostarApi onkostarApi) { + this.onkostarApi = onkostarApi; + } + + /** + * Zusammenfassung der Prozeduren. + * Dabei werden alle Prozeduren sortiert, mit ermitteltem Mapper in {@link Optional} eines {@link String}s + * gewandelt und, wenn dies erfolgreich war, die Zeichenkette extrahiert. + * Im Anschluss wird die Abfolge der Zeichenketten mit den einzelnen Prozedur-Zusammenfassungen in eine + * einzige Zusammenfassung zusammengefügt. + * @param procedures Prozeduren, die zusammen gefasst werden sollen + * @return Text mit Zusammenfassung aller übergebenen Prozeduren + */ + @Override + public String getProtocol(List<Procedure> procedures) { + return this.sortedDistinctProcedureProtocolList(procedures.stream()) + .collect(Collectors.joining("\n\n")); + } + + private Stream<String> sortedDistinctProcedureProtocolList(Stream<Procedure> procedures) { + return procedures + .sorted(Comparator.comparing(Procedure::getStartDate)) + .map(this::selectAndApplyMapper) + .filter(Optional::isPresent) + .map(Optional::get) + .distinct(); + } + + /** + * Übergibt anzuwendenden Mapper für eine Prozedur. + * Wurde keine Implementierung festgelegt, wird ein Mapper zurückgegeben, der eine + * Prozedur in ein leeres {@link Optional} zurück gibt, übergeben. + * @param procedure Prozedur, für die ein Mapper ermittelt werden soll + * @return Mapper für diese Prozedur + */ + @Override + public ProcedureToProtocolMapper procedureToProtocolMapper(Procedure procedure) { + switch (procedure.getFormName()) { + case "OS.Tumorkonferenz": + return new OsTumorkonferenzToProtocolMapper(); + case "OS.Tumorkonferenz.VarianteUKW": + return new OsTumorkonferenzVarianteUkwToProtocolMapper(); + case "MR.MTB_Anmeldung": + return new MrMtbAnmeldungToProtocolMapper(this.onkostarApi); + default: + return p -> Optional.empty(); + } + } + +} diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/mtb/MrMtbAnmeldungToProtocolMapper.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/mtb/MrMtbAnmeldungToProtocolMapper.java new file mode 100644 index 0000000..d705606 --- /dev/null +++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/mtb/MrMtbAnmeldungToProtocolMapper.java @@ -0,0 +1,63 @@ +package dev.dnpm.services.mtb; + +import de.itc.onkostar.api.IOnkostarApi; +import de.itc.onkostar.api.Procedure; + +import java.util.ArrayList; +import java.util.Comparator; +import java.util.Optional; + +public class MrMtbAnmeldungToProtocolMapper implements ProcedureToProtocolMapper { + + private final IOnkostarApi onkostarApi; + + public MrMtbAnmeldungToProtocolMapper(final IOnkostarApi onkostarApi) { + this.onkostarApi = onkostarApi; + } + + /** + * Wandelt eine Prozedur mit Formularnamen "MR.MTB_Anmeldung" in ein {@link Optional} mit einer + * Zeichenkette oder im Fehlerfall in ein leeres Optional um. + * + * @param procedure Die Prozedur, für die eine Zusammenfassung ermittelt werden soll. + * @return Das {@link Optional} mit, im Erfolgsfall, der Zusammenfassung für die Prozedur. + */ + @Override + public Optional<String> apply(Procedure procedure) { + if ((!procedure.getFormName().equals("MR.MTB_Anmeldung"))) { + throw new AssertionError("Procedure is not of form type 'MR.MTB_Anmeldung'"); + } + + var resultParts = new ArrayList<String>(); + + var fragestellung = procedure.getValue("Fragestellung"); + if (null != fragestellung && !fragestellung.getString().isBlank()) { + resultParts.add(String.format("Fragestellung:%n%s", fragestellung.getString())); + } + + var refEmpfehlung = procedure.getValue("Empfehlung"); + if (null != refEmpfehlung && refEmpfehlung.getInt() > 0) { + var empfehlungsProzedur = onkostarApi.getProcedure(refEmpfehlung.getInt()); + var refEinzelempfehlungen = onkostarApi.getSubprocedures(empfehlungsProzedur.getId()); + + if (null != refEinzelempfehlungen) { + refEinzelempfehlungen.stream() + .sorted(Comparator.comparingInt(proc -> proc.getValue("Prioritaet").getInt())) + .forEach(proc -> { + if (proc.getFormName().equals("MR.MTB_Einzelempfehlung")) { + var empfehlung = proc.getValue("Empfehlung"); + if (null != empfehlung && !empfehlung.getString().isBlank()) { + resultParts.add(String.format("Empfehlung:%n%s", empfehlung.getString())); + } + } + }); + } + } + + if (resultParts.isEmpty()) { + return Optional.empty(); + } + + return Optional.of(String.join("\n\n", resultParts)); + } +} diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/mtb/MtbService.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/mtb/MtbService.java new file mode 100644 index 0000000..bc79b37 --- /dev/null +++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/mtb/MtbService.java @@ -0,0 +1,31 @@ +package dev.dnpm.services.mtb; + +import de.itc.onkostar.api.Procedure; + +import java.util.List; +import java.util.Optional; + +public interface MtbService { + /** + * Zusammenfassung der Prozeduren + * @param procedures Prozeduren, die zusammen gefasst werden sollen + * @return Text mit Zusammenfassung der Prozeduren + */ + String getProtocol(List<Procedure> procedures); + + /** + * Übergibt anzuwendenden Mapper für eine Prozedur + * @param procedure Prozedur, für die ein Mapper ermittelt werden soll + * @return Mapper für diese Prozedur + */ + ProcedureToProtocolMapper procedureToProtocolMapper(Procedure procedure); + + /** + * Select mapper using method {@link #procedureToProtocolMapper(Procedure)} and apply procedure + * @param procedure The Procedure to select mapper for and apply + * @return {@link Optional} with protocol or empty {@link Optional} + */ + default Optional<String> selectAndApplyMapper(Procedure procedure) { + return this.procedureToProtocolMapper(procedure).apply(procedure); + } +} diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/mtb/OsTumorkonferenzToProtocolMapper.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/mtb/OsTumorkonferenzToProtocolMapper.java new file mode 100644 index 0000000..1473431 --- /dev/null +++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/mtb/OsTumorkonferenzToProtocolMapper.java @@ -0,0 +1,43 @@ +package dev.dnpm.services.mtb; + +import de.itc.onkostar.api.Procedure; + +import java.util.Optional; + + +/** + * Mapper zum Ermitteln des Protokollauszugs für Formular "OS.Tumorkonferenz" + * + * @since 0.0.2 + */ +public class OsTumorkonferenzToProtocolMapper implements ProcedureToProtocolMapper { + + /** + * Wandelt eine Prozedur mit Formularnamen "OS.Tumorkonferenz" in ein {@link Optional} mit einer + * Zeichenkette oder im Fehlerfall in ein leeres Optional um. + * @param procedure Die Prozedur, für die eine Zusammenfassung ermittelt werden soll. + * @return Das {@link Optional} mit, im Erfolgsfall, der Zusammenfassung für die Prozedur. + */ + @Override + public Optional<String> apply(Procedure procedure) { + if ((!procedure.getFormName().equals("OS.Tumorkonferenz"))) { + throw new AssertionError("Procedure is not of form type 'OS.Tumorkonferenz'"); + } + + var fragestellung = procedure.getValue("Fragestellung"); + var empfehlung = procedure.getValue("Empfehlung"); + + if ( + null != fragestellung && !fragestellung.getString().isBlank() + && null != empfehlung && !empfehlung.getString().isBlank() + ) { + return Optional.of(String.format("Fragestellung:%n%s%n%nEmpfehlung:%n%s", fragestellung.getString(), empfehlung.getString())); + } else if (null != fragestellung && !fragestellung.getString().isBlank()) { + return Optional.of(fragestellung.getString()); + } else if (null != empfehlung && !empfehlung.getString().isBlank()) { + return Optional.of(empfehlung.getString()); + } + + return Optional.empty(); + } +} diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/mtb/OsTumorkonferenzVarianteUkwToProtocolMapper.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/mtb/OsTumorkonferenzVarianteUkwToProtocolMapper.java new file mode 100644 index 0000000..5d1d178 --- /dev/null +++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/mtb/OsTumorkonferenzVarianteUkwToProtocolMapper.java @@ -0,0 +1,42 @@ +package dev.dnpm.services.mtb; + +import de.itc.onkostar.api.Procedure; + +import java.util.Optional; + +/** + * Mapper zum Ermitteln des Protokollauszugs für Formular "OS.Tumorkonferenz.VarianteUKW" + * + * @since 0.0.2 + */ +public class OsTumorkonferenzVarianteUkwToProtocolMapper implements ProcedureToProtocolMapper { + + /** + * Wandelt eine Prozedur mit Formularnamen "OS.Tumorkonferenz.VarianteUKW" in ein {@link Optional} mit einer + * Zeichenkette oder im Fehlerfall in ein leeres Optional um. + * @param procedure Die Prozedur, für die eine Zusammenfassung ermittelt werden soll. + * @return Das {@link Optional} mit, im Erfolgsfall, der Zusammenfassung für die Prozedur. + */ + @Override + public Optional<String> apply(Procedure procedure) { + if ((!procedure.getFormName().equals("OS.Tumorkonferenz.VarianteUKW"))) { + throw new AssertionError("Procedure is not of form type 'OS.Tumorkonferenz.VarianteUKW'"); + } + + + var fragestellung = procedure.getValue("Fragestellung"); + var empfehlung = procedure.getValue("Empfehlung"); + + if ( + null != fragestellung && !fragestellung.getString().isBlank() + && null != empfehlung && !empfehlung.getString().isBlank() + ) { + return Optional.of(String.format("Fragestellung:%n%s%n%nEmpfehlung:%n%s", fragestellung.getString().trim(), empfehlung.getString().trim())); + } else if (null != fragestellung && !fragestellung.getString().isBlank()) { + return Optional.of(fragestellung.getString().trim()); + } else if (null != empfehlung && !empfehlung.getString().isBlank()) { + return Optional.of(empfehlung.getString().trim()); + } + return Optional.empty(); + } +} diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/mtb/ProcedureToProtocolMapper.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/mtb/ProcedureToProtocolMapper.java new file mode 100644 index 0000000..bf3197a --- /dev/null +++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/mtb/ProcedureToProtocolMapper.java @@ -0,0 +1,9 @@ +package dev.dnpm.services.mtb; + +import de.itc.onkostar.api.Procedure; + +import java.util.Optional; +import java.util.function.Function; + +@FunctionalInterface +public interface ProcedureToProtocolMapper extends Function<Procedure, Optional<String>> {} diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/strahlentherapie/DefaultStrahlentherapieService.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/strahlentherapie/DefaultStrahlentherapieService.java new file mode 100644 index 0000000..96a70dd --- /dev/null +++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/strahlentherapie/DefaultStrahlentherapieService.java @@ -0,0 +1,74 @@ +package dev.dnpm.services.strahlentherapie; + +import dev.dnpm.dto.EcogStatusWithDate; +import dev.dnpm.services.SettingsService; +import de.itc.onkostar.api.IOnkostarApi; +import de.itc.onkostar.api.Patient; +import de.itc.onkostar.api.Procedure; + +import java.util.Comparator; +import java.util.List; +import java.util.Objects; +import java.util.Optional; +import java.util.stream.Collectors; + +/** + * Standardimplementierung des StrahlentherapieServices + * + * @since 0.6.0 + */ +public class DefaultStrahlentherapieService implements StrahlentherapieService { + + private static final String ECOG_FIELD = "ECOGvorTherapie"; + + private final IOnkostarApi onkostarApi; + + private final SettingsService settingsService; + + public DefaultStrahlentherapieService(final IOnkostarApi onkostarApi, final SettingsService settingsService) { + this.onkostarApi = onkostarApi; + this.settingsService = settingsService; + } + + /** + * Ermittelt den letzten bekannten ECOG-Status aus allen Systemtherapieformularen des Patienten + * + * @param patient Der zu verwendende Patient + * @return Der ECOG-Status als String oder leeres Optional + */ + @Override + public Optional<String> latestEcogStatus(Patient patient) { + return ecogStatus(patient).stream() + .max(Comparator.comparing(EcogStatusWithDate::getDate)) + .map(EcogStatusWithDate::getStatus); + } + + /** + * Ermittelt jeden bekannten ECOG-Status aus allen Systemtherapieformularen des Patienten + * + * @param patient Der zu verwendende Patient + * @return Eine Liste mit Datum und ECOG-Status als String + */ + @Override + public List<EcogStatusWithDate> ecogStatus(Patient patient) { + return patient.getDiseases().stream() + .flatMap(disease -> onkostarApi.getProceduresForDiseaseByForm(disease.getId(), getFormName()).stream()) + .filter(procedure -> null != procedure.getStartDate()) + .sorted(Comparator.comparing(Procedure::getStartDate)) + .map(procedure -> { + try { + return new EcogStatusWithDate(procedure.getStartDate(), procedure.getValue(ECOG_FIELD).getString()); + } catch (IllegalArgumentException e) { + return null; + } + }) + .filter(Objects::nonNull) + .collect(Collectors.toList()); + } + + private String getFormName() { + return settingsService + .getSetting("strahlentherapieform") + .orElse("OS.Strahlentherapie"); + } +} diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/strahlentherapie/StrahlentherapieService.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/strahlentherapie/StrahlentherapieService.java new file mode 100644 index 0000000..80e2db2 --- /dev/null +++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/strahlentherapie/StrahlentherapieService.java @@ -0,0 +1,10 @@ +package dev.dnpm.services.strahlentherapie; + +import dev.dnpm.services.TherapieMitEcogService; + +/** + * Service für Systemtherapieformulare + * + * @since 0.6.0 + */ +public interface StrahlentherapieService extends TherapieMitEcogService {} diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/systemtherapie/DefaultSystemtherapieService.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/systemtherapie/DefaultSystemtherapieService.java new file mode 100644 index 0000000..143195e --- /dev/null +++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/systemtherapie/DefaultSystemtherapieService.java @@ -0,0 +1,98 @@ +package dev.dnpm.services.systemtherapie; + +import dev.dnpm.dto.EcogStatusWithDate; +import dev.dnpm.services.SettingsService; +import de.itc.onkostar.api.IOnkostarApi; +import de.itc.onkostar.api.Patient; +import de.itc.onkostar.api.Procedure; + +import java.util.*; +import java.util.stream.Collectors; + +/** + * Standardimplementierung des Systemtherapieservices + * + * @since 0.2.0 + */ +public class DefaultSystemtherapieService implements SystemtherapieService { + + private static final String ECOG_FIELD = "ECOGvorTherapie"; + + private final IOnkostarApi onkostarApi; + + private final SettingsService settingsService; + + public DefaultSystemtherapieService(final IOnkostarApi onkostarApi, final SettingsService settingsService) { + this.onkostarApi = onkostarApi; + this.settingsService = settingsService; + } + + /** + * Ermittelt eine Zusammenfassung der systemischen Therapien für eine Erkrankung + * + * @param diseaseId Die ID der Erkrankung + * @return Zusammenfassung der systemischen Therapien + */ + @Override + public List<Map<String, String>> getSystemischeTherapienFromDiagnose(int diseaseId) { + List<Map<String, String>> result = new ArrayList<>(); + for (Procedure prozedur : onkostarApi.getProceduresForDiseaseByForm(diseaseId, getFormName())) { + prozedurToProzedurwerteMapper(prozedur).apply(prozedur).ifPresent(result::add); + } + return result; + } + + /** + * Übergibt aktuell immer den Mapper für das Formular "OS.Systemische Therapie", + * da beide bekannte Varianten damit gemappt werden können. + * + * @param procedure Die Prozedur für die ein Mapper erstellt werden soll + * @return Der Mapper für die Prozedur + */ + @Override + public ProzedurToProzedurwerteMapper prozedurToProzedurwerteMapper(Procedure procedure) { + return new OsSystemischeTherapieToProzedurwerteMapper(); + } + + /** + * Ermittelt den letzten bekannten ECOG-Status aus allen Systemtherapieformularen des Patienten + * + * @param patient Der zu verwendende Patient + * @return Der ECOG-Status als String oder leeres Optional + */ + @Override + public Optional<String> latestEcogStatus(Patient patient) { + return ecogStatus(patient).stream() + .max(Comparator.comparing(EcogStatusWithDate::getDate)) + .map(EcogStatusWithDate::getStatus); + } + + /** + * Ermittelt jeden bekannten ECOG-Status aus allen Systemtherapieformularen des Patienten + * + * @param patient Der zu verwendende Patient + * @return Eine Liste mit Datum und ECOG-Status als String + */ + @Override + public List<EcogStatusWithDate> ecogStatus(Patient patient) { + return patient.getDiseases().stream() + .flatMap(disease -> onkostarApi.getProceduresForDiseaseByForm(disease.getId(), getFormName()).stream()) + .filter(procedure -> null != procedure.getStartDate()) + .sorted(Comparator.comparing(Procedure::getStartDate)) + .map(procedure -> { + try { + return new EcogStatusWithDate(procedure.getStartDate(), procedure.getValue(ECOG_FIELD).getString()); + } catch (IllegalArgumentException e) { + return null; + } + }) + .filter(Objects::nonNull) + .collect(Collectors.toList()); + } + + private String getFormName() { + return settingsService + .getSetting("systemtherapieform") + .orElse("OS.Systemische Therapie"); + } +} diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/systemtherapie/OsSystemischeTherapieToProzedurwerteMapper.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/systemtherapie/OsSystemischeTherapieToProzedurwerteMapper.java new file mode 100644 index 0000000..162b887 --- /dev/null +++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/systemtherapie/OsSystemischeTherapieToProzedurwerteMapper.java @@ -0,0 +1,90 @@ +package dev.dnpm.services.systemtherapie; + +import com.fasterxml.jackson.core.JsonProcessingException; +import com.fasterxml.jackson.databind.ObjectMapper; +import de.itc.onkostar.api.Item; +import de.itc.onkostar.api.Procedure; +import de.ukw.ccc.onkostar.atccodes.AtcCode; +import org.slf4j.Logger; +import org.slf4j.LoggerFactory; + +import java.util.*; + +/** + * Implementierung zum Mappen des Formulars "OS.Systemische Therapie" auf die Prozedurwerte + * + * @since 0.2.0 + */ +public class OsSystemischeTherapieToProzedurwerteMapper implements ProzedurToProzedurwerteMapper { + + private static final Logger logger = LoggerFactory.getLogger(OsSystemischeTherapieToProzedurwerteMapper.class); + + @Override + public Optional<Map<String, String>> apply(Procedure procedure) { + try { + return Optional.of(getProzedurwerte(procedure)); + } catch (Exception e) { + logger.error("Fehler beim Mappen der Prozedur auf Prozedurwerte", e); + return Optional.empty(); + } + } + + private static Map<String, String> getProzedurwerte(Procedure prozedur) { + List<String> wirkstoffListe = new ArrayList<>(); + // SubstanzenCodesListe enthält die Liste der SubstanzenCodes + List<Map<String, String>> substanzenCodesListe = new ArrayList<>(); + + // alle Werte der Prozedur auslesen + Map<String, Item> alleWerte = prozedur.getAllValues(); + // Prozedurwerte enthält nur die interessanten Werte + Map<String, String> prozedurwerte = new HashMap<>(); + // alle Werte durchgehen und die interessanten übernehmen + if (alleWerte.containsKey("Beendigung")) { + prozedurwerte.put("Beendigung", alleWerte.get("Beendigung").getValue()); + } + if (alleWerte.containsKey("Ergebnis")) { + prozedurwerte.put("Ergebnis", alleWerte.get("Ergebnis").getValue()); + } + if (alleWerte.containsKey("Beginn")) { + prozedurwerte.put("Beginn", alleWerte.get("Beginn").getString()); + } + if (alleWerte.containsKey("Ende")) { + prozedurwerte.put("Ende", alleWerte.get("Ende").getString()); + } + if (alleWerte.containsKey("SubstanzenList")) { + List<Map<String, String>> substanzList = alleWerte.get("SubstanzenList").getValue(); + for (var substanz : substanzList) { + var substanzCodes = getSubstanzCode(substanz); + substanzenCodesListe.add(substanzCodes); + wirkstoffListe.add(substanzCodes.get("substance")); + } + } + + prozedurwerte.put("Wirkstoffe", String.join(", ", wirkstoffListe)); + try { + ObjectMapper mapper = new ObjectMapper(); + prozedurwerte.put("WirkstoffCodes", mapper.writeValueAsString(substanzenCodesListe)); + } catch (JsonProcessingException e) { + logger.error("Kann 'WirkstoffCodes' nicht in JSON-String mappen", e); + } + + return prozedurwerte; + } + + private static Map<String, String> getSubstanzCode(Map<String, String> substanz) { + Map<String, String> substanzCode = new HashMap<>(); + if (substanz.containsKey("Substanz")) { + if (AtcCode.isAtcCode(substanz.get("Substanz"))) { + substanzCode.put("system", "ATC"); + } else { + substanzCode.put("system", "other"); + } + substanzCode.put("code", substanz.get("Substanz")); + + } + if (substanz.containsKey("Substanz_shortDescription")) { + substanzCode.put("substance", substanz.get("Substanz_shortDescription")); + } + return substanzCode; + } +} diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/systemtherapie/ProzedurToProzedurwerteMapper.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/systemtherapie/ProzedurToProzedurwerteMapper.java new file mode 100644 index 0000000..2e182c0 --- /dev/null +++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/systemtherapie/ProzedurToProzedurwerteMapper.java @@ -0,0 +1,14 @@ +package dev.dnpm.services.systemtherapie; + +import de.itc.onkostar.api.Procedure; + +import java.util.Map; +import java.util.Optional; +import java.util.function.Function; + +/** + * Mapper um ein Systemtherapieformular in eine Optional-Map mit Prozedurwerten umzuwandeln + * + * @since 0.2.0 + */ +public interface ProzedurToProzedurwerteMapper extends Function<Procedure, Optional<Map<String, String>>> {} diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/systemtherapie/SystemtherapieService.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/systemtherapie/SystemtherapieService.java new file mode 100644 index 0000000..8069da6 --- /dev/null +++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/systemtherapie/SystemtherapieService.java @@ -0,0 +1,29 @@ +package dev.dnpm.services.systemtherapie; + +import dev.dnpm.services.TherapieMitEcogService; +import de.itc.onkostar.api.Procedure; + +import java.util.List; +import java.util.Map; + +/** + * Service für Systemtherapieformulare + * + * @since 0.2.0 + */ +public interface SystemtherapieService extends TherapieMitEcogService { + /** + * Ermittelt eine Zusammenfassung der systemischen Therapien für eine Erkrankung + * @param diseaseId Die ID der Erkrankung + * @return Die Zusammenfassung der systemischen Therapien + */ + List<Map<String, String>> getSystemischeTherapienFromDiagnose(int diseaseId); + + /** + * Erstellt den Mapper for die Prozedur + * @param procedure Die Prozedur für die ein Mapper erstellt werden soll + * @return Der erstellte ProzedurToProzedurwerteMapper + */ + ProzedurToProzedurwerteMapper prozedurToProzedurwerteMapper(Procedure procedure); + +} diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/therapieplan/AbstractTherapieplanService.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/therapieplan/AbstractTherapieplanService.java new file mode 100644 index 0000000..c59cd42 --- /dev/null +++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/therapieplan/AbstractTherapieplanService.java @@ -0,0 +1,42 @@ +package dev.dnpm.services.therapieplan; + +import dev.dnpm.services.FormService; +import de.itc.onkostar.api.IOnkostarApi; +import de.itc.onkostar.api.Procedure; + +import java.util.List; +import java.util.stream.Collectors; + +public abstract class AbstractTherapieplanService implements TherapieplanService { + + protected final IOnkostarApi onkostarApi; + + protected final FormService formService; + + protected AbstractTherapieplanService(final IOnkostarApi onkostarApi, final FormService formService) { + this.onkostarApi = onkostarApi; + this.formService = formService; + } + + @Override + public List<Procedure> findReferencedFollowUpsForSubform(Procedure procedure) { + if (null == procedure || !"DNPM UF Einzelempfehlung".equals(procedure.getFormName())) { + return List.of(); + } + + return procedure.getDiseaseIds().stream() + .flatMap(diseaseId -> onkostarApi.getProceduresForDiseaseByForm(diseaseId, "DNPM FollowUp").stream()) + .filter(p -> p.getValue("LinkTherapieempfehlung").getInt() == procedure.getId()) + .collect(Collectors.toList()); + } + + @Override + public List<Procedure> findReferencedFollowUpsForSubform(int procedureId) { + var procedure = this.onkostarApi.getProcedure(procedureId); + if (null == procedure || !"DNPM UF Einzelempfehlung".equals(procedure.getFormName())) { + return List.of(); + } + return findReferencedFollowUpsForSubform(procedure); + } + +} diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/therapieplan/DefaultTherapieplanService.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/therapieplan/DefaultTherapieplanService.java new file mode 100644 index 0000000..fc30d07 --- /dev/null +++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/therapieplan/DefaultTherapieplanService.java @@ -0,0 +1,196 @@ +package dev.dnpm.services.therapieplan; + +import dev.dnpm.services.FormService; +import de.itc.onkostar.api.IOnkostarApi; +import de.itc.onkostar.api.Item; +import de.itc.onkostar.api.Procedure; +import org.slf4j.Logger; +import org.slf4j.LoggerFactory; + +import java.util.Date; +import java.util.List; +import java.util.Objects; + +import static dev.dnpm.services.FormService.hasValue; +import static dev.dnpm.services.FormService.isYes; + +public class DefaultTherapieplanService extends AbstractTherapieplanService { + + public static final String FORMFIELD_REFERSTEMTB = "referstemtb"; + public static final String FORMFIELD_HUMANGENBERATUNG = "humangenberatung"; + public static final String FORMFIELD_REEVALUATION = "reevaluation"; + public static final String FORMFIELD_DATUM = "datum"; + public static final String FORMFIELD_REFTKHUMANGENBER = "reftkhumangenber"; + public static final String FORMFIELD_DATUMTKHUMANGENBER = "datumtkhumangenber"; + public static final String FORMFIELD_REFTKREEVALUATION = "reftkreevaluation"; + public static final String FORMFIELD_DATUMTKREEVALUATION = "datumtkreevaluation"; + public static final String FORMFIELD_MTB = "mtb"; + public static final String FORMFIELD_UFEEDATUM = "ufeedatum"; + public static final String FORMFIELD_REFTUMORKONFERENZ = "reftumorkonferenz"; + public static final String FORMFIELD_UFRBDATUM = "ufrbdatum"; + + public static final String DATAFIELD_REF_TK_HUMANGENBER = "ref_tk_humangenber"; + public static final String DATAFIELD_DATUM_TK_HUMANGENBER = "datum_tk_humangenber"; + public static final String DATAFIELD_DATUM = "datum"; + + private final Logger logger = LoggerFactory.getLogger(this.getClass()); + + public DefaultTherapieplanService(final IOnkostarApi onkostarApi, final FormService formService) { + super(onkostarApi, formService); + } + + /** + * Verlinke MTB und Übernahme Datum aus Hauptformular in weiteren Bereichen + * "Humangenetische Beratung" und "Reevaluation" und Unterformularen, wenn erforderlich. + * + * @param procedure Die Prozedur mit Hauptformular + */ + @Override + public void updateRequiredMtbEntries(Procedure procedure) { + this.updateMtbInSections(procedure); + this.updateMtbInSubforms(procedure); + } + + /** + * Finde verlinkte MTBs in Hauptformular und Unterformularen + * + * @param procedure Die Prozedur mit Hauptformular + * @return Liste mit verlinkten MTBs + */ + @Override + public List<Procedure> findReferencedMtbs(Procedure procedure) { + if (!hasValue(procedure, FORMFIELD_REFERSTEMTB)) { + return List.of(); + } + + var mtbProcedure = this.onkostarApi.getProcedure(procedure.getValue(FORMFIELD_REFERSTEMTB).getInt()); + if (null == mtbProcedure) { + return List.of(); + } + return List.of(mtbProcedure); + } + + /** + * Finde verlinkte MTBs in Hauptformular und Unterformularen + * + * @param procedureId ID der Prozedur mit Hauptformular + * @return Liste mit verlinkten MTBs + */ + @Override + public List<Procedure> findReferencedMtbs(int procedureId) { + var procedure = this.onkostarApi.getProcedure(procedureId); + if (null == procedure) { + return List.of(); + } + return findReferencedMtbs(procedure); + } + + private void updateMtbInSections(Procedure procedure) { + if (!isYes(procedure, FORMFIELD_HUMANGENBERATUNG) && !isYes(procedure, FORMFIELD_REEVALUATION)) { + return; + } + + var mtbReference = procedure.getValue(FORMFIELD_REFERSTEMTB).getInt(); + var mtbDate = procedure.getValue(FORMFIELD_DATUM).getDate(); + var noUpdateRequired = true; + + if ( + isYes(procedure, FORMFIELD_HUMANGENBERATUNG) && ( + !hasValue(procedure, FORMFIELD_REFTKHUMANGENBER) + || mtbReference != procedure.getValue(FORMFIELD_REFTKHUMANGENBER).getInt() + ) + ) { + procedure.setValue(FORMFIELD_REFTKHUMANGENBER, new Item(DATAFIELD_REF_TK_HUMANGENBER, mtbReference)); + noUpdateRequired = false; + } + + if ( + isYes(procedure, FORMFIELD_HUMANGENBERATUNG) && ( + !hasValue(procedure, FORMFIELD_DATUMTKHUMANGENBER) + || !mtbDate.equals(procedure.getValue(FORMFIELD_DATUMTKHUMANGENBER).getDate()) + ) + ) { + procedure.setValue(FORMFIELD_DATUMTKHUMANGENBER, new Item(DATAFIELD_DATUM_TK_HUMANGENBER, mtbDate)); + noUpdateRequired = false; + } + + if ( + isYes(procedure, FORMFIELD_REEVALUATION) && ( + !hasValue(procedure, FORMFIELD_REFTKREEVALUATION) + || mtbReference != procedure.getValue(FORMFIELD_REFTKREEVALUATION).getInt() + ) + ) { + procedure.setValue(FORMFIELD_REFTKREEVALUATION, new Item("ref_tk_reevaluation", mtbReference)); + noUpdateRequired = false; + } + + if ( + isYes(procedure, FORMFIELD_REEVALUATION) && ( + !hasValue(procedure, FORMFIELD_DATUMTKREEVALUATION) + || !mtbDate.equals(procedure.getValue(FORMFIELD_DATUMTKREEVALUATION).getDate()) + ) + ) { + procedure.setValue(FORMFIELD_DATUMTKREEVALUATION, new Item("datum_tk_reevaluation", mtbDate)); + noUpdateRequired = false; + } + + if (noUpdateRequired) { + return; + } + + try { + onkostarApi.saveProcedure(procedure, false); + } catch (Exception e) { + logger.error("Formular 'DNPM Therapieplan' konnte nicht aktualisiert werden", e); + } + } + + private void updateMtbInSubforms(Procedure procedure) { + if ( + !hasValue(procedure, FORMFIELD_REFERSTEMTB) || !hasValue(procedure, FORMFIELD_DATUM) + ) { + return; + } + + var mtbReference = procedure.getValue(FORMFIELD_REFERSTEMTB).getInt(); + var mtbDate = procedure.getValue(FORMFIELD_DATUM).getDate(); + + formService.getSubFormProcedureIds(procedure.getId()).stream() + .map(onkostarApi::getProcedure) + .filter(Objects::nonNull) + .forEach(subform -> { + if (isUsableEinzelempfehlung(subform, mtbReference, mtbDate)) { + subform.setValue(FORMFIELD_MTB, new Item("ref_tumorkonferenz", mtbReference)); + subform.setValue(FORMFIELD_UFEEDATUM, new Item(DATAFIELD_DATUM, mtbDate)); + + try { + onkostarApi.saveProcedure(subform, false); + } catch (Exception e) { + logger.error("Formular 'DNPM UF Einzelempfehlung' konnte nicht aktualisiert werden", e); + } + } + + + if (isUsableRebiopsie(subform, mtbReference, mtbDate)) { + subform.setValue(FORMFIELD_REFTUMORKONFERENZ, new Item("ref_tumorkonferenz", mtbReference)); + subform.setValue(FORMFIELD_UFRBDATUM, new Item(DATAFIELD_DATUM, mtbDate)); + + try { + onkostarApi.saveProcedure(subform, false); + } catch (Exception e) { + logger.error("Formular 'DNPM UF Rebiopsie' konnte nicht aktualisiert werden", e); + } + } + + }); + } + + private static boolean isUsableRebiopsie(Procedure subform, int mtbReference, Date mtbDate) { + return subform.getFormName().equals("DNPM UF Rebiopsie") && mtbReference != subform.getValue(FORMFIELD_REFTUMORKONFERENZ).getInt() && !mtbDate.equals(subform.getValue(FORMFIELD_UFRBDATUM).getDate()); + } + + private static boolean isUsableEinzelempfehlung(Procedure subform, int mtbReference, Date mtbDate) { + return subform.getFormName().equals("DNPM UF Einzelempfehlung") && mtbReference != subform.getValue(FORMFIELD_MTB).getInt() && !mtbDate.equals(subform.getValue(FORMFIELD_UFEEDATUM).getDate()); + } + +} diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/therapieplan/MultipleMtbTherapieplanService.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/therapieplan/MultipleMtbTherapieplanService.java new file mode 100644 index 0000000..50bf84f --- /dev/null +++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/therapieplan/MultipleMtbTherapieplanService.java @@ -0,0 +1,71 @@ +package dev.dnpm.services.therapieplan; + +import dev.dnpm.services.FormService; +import de.itc.onkostar.api.IOnkostarApi; +import de.itc.onkostar.api.Procedure; + +import java.util.ArrayList; +import java.util.Comparator; +import java.util.List; +import java.util.Objects; +import java.util.stream.Collectors; + +import static dev.dnpm.services.FormService.hasValue; +import static dev.dnpm.services.FormService.isYes; + +public class MultipleMtbTherapieplanService extends AbstractTherapieplanService { + + public MultipleMtbTherapieplanService(final IOnkostarApi onkostarApi, final FormService formService) { + super(onkostarApi, formService); + } + + @Override + public void updateRequiredMtbEntries(Procedure procedure) { + // No action required + } + + @Override + public List<Procedure> findReferencedMtbs(Procedure procedure) { + var procedureIds = new ArrayList<Integer>(); + + var mtbReference = procedure.getValue("referstemtb").getInt(); + procedureIds.add(mtbReference); + + if (isYes(procedure, "humangenberatung") && hasValue(procedure, "reftkhumangenber")) { + procedureIds.add(procedure.getValue("reftkhumangenber").getInt()); + } + + if (isYes(procedure, "reevaluation") && hasValue(procedure, "reftkreevaluation")) { + procedureIds.add(procedure.getValue("reftkreevaluation").getInt()); + } + + formService.getSubFormProcedureIds(procedure.getId()).stream() + .map(onkostarApi::getProcedure) + .filter(Objects::nonNull) + .forEach(subform -> { + if (subform.getFormName().equals("DNPM UF Einzelempfehlung")) { + procedureIds.add(subform.getValue("mtb").getInt()); + } + + if (subform.getFormName().equals("DNPM UF Rebiopsie")) { + procedureIds.add(subform.getValue("reftumorkonferenz").getInt()); + } + }); + + return procedureIds.stream() + .distinct() + .map(onkostarApi::getProcedure) + .filter(Objects::nonNull) + .sorted(Comparator.comparing(Procedure::getStartDate)) + .collect(Collectors.toList()); + } + + @Override + public List<Procedure> findReferencedMtbs(int procedureId) { + var procedure = this.onkostarApi.getProcedure(procedureId); + if (null == procedure) { + return List.of(); + } + return findReferencedMtbs(procedure); + } +} diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/therapieplan/TherapieplanService.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/therapieplan/TherapieplanService.java new file mode 100644 index 0000000..cf74253 --- /dev/null +++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/therapieplan/TherapieplanService.java @@ -0,0 +1,49 @@ +package dev.dnpm.services.therapieplan; + +import de.itc.onkostar.api.Procedure; + +import java.util.List; + +public interface TherapieplanService { + + /** + * Verlinke MTB und Übernahme Datum aus Hauptformular in weiteren Bereichen + * "Humangenetische Beratung" und "Reevaluation" und Unterformularen, wenn erforderlich. + * + * @param procedure Die Prozedur mit Hauptformular + */ + void updateRequiredMtbEntries(Procedure procedure); + + /** + * Finde verlinkte MTBs in Hauptformular und Unterformularen + * + * @param procedure Die Prozedur mit Hauptformular + * @return Liste mit verlinkten MTBs + */ + List<Procedure> findReferencedMtbs(Procedure procedure); + + /** + * Finde verlinkte MTBs in Hauptformular und Unterformularen + * + * @param procedureId ID der Prozedur mit Hauptformular + * @return Liste mit verlinkten MTBs + */ + List<Procedure> findReferencedMtbs(int procedureId); + + /** + * Finde verlinkte FollowUps für DNPM UF Einzelempfehlung + * + * @param procedure Die DNPM UF Einzelempfehlung Prozedur + * @return Liste mit verlinkten FollowUps + */ + List<Procedure> findReferencedFollowUpsForSubform(Procedure procedure); + + /** + * Finde verlinkte FollowUps für DNPM UF Einzelempfehlung + * + * @param procedureId ID der Prozedur + * @return Liste mit verlinkten FollowUps + */ + List<Procedure> findReferencedFollowUpsForSubform(int procedureId); + +} diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/therapieplan/TherapieplanServiceFactory.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/therapieplan/TherapieplanServiceFactory.java new file mode 100644 index 0000000..59d956c --- /dev/null +++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/therapieplan/TherapieplanServiceFactory.java @@ -0,0 +1,33 @@ +package dev.dnpm.services.therapieplan; + +import dev.dnpm.services.FormService; +import dev.dnpm.services.SettingsService; +import de.itc.onkostar.api.IOnkostarApi; + +public class TherapieplanServiceFactory { + + private final IOnkostarApi onkostarApi; + + private final SettingsService settingsService; + + private final FormService formService; + + public TherapieplanServiceFactory( + final IOnkostarApi onkostarApi, + final SettingsService settingsService, + final FormService formService + ) { + this.onkostarApi = onkostarApi; + this.settingsService = settingsService; + this.formService = formService; + } + + public TherapieplanService currentUsableInstance() { + if (settingsService.multipleMtbsInMtbEpisode()) { + return new MultipleMtbTherapieplanService(onkostarApi, formService); + } + + return new DefaultTherapieplanService(onkostarApi, formService); + } + +} |