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path: root/src/main/java/dev/dnpm/services/systemtherapie
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authorPaul-Christian Volkmer2024-09-21 22:10:24 +0200
committerPaul-Christian Volkmer2024-09-21 22:10:24 +0200
commitcc27edc544cec1b892e7c224aec9e6e42342aa39 (patch)
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Diffstat (limited to 'src/main/java/dev/dnpm/services/systemtherapie')
-rw-r--r--src/main/java/dev/dnpm/services/systemtherapie/DefaultSystemtherapieService.java98
-rw-r--r--src/main/java/dev/dnpm/services/systemtherapie/OsSystemischeTherapieToProzedurwerteMapper.java90
-rw-r--r--src/main/java/dev/dnpm/services/systemtherapie/ProzedurToProzedurwerteMapper.java14
-rw-r--r--src/main/java/dev/dnpm/services/systemtherapie/SystemtherapieService.java29
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diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/systemtherapie/DefaultSystemtherapieService.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/systemtherapie/DefaultSystemtherapieService.java
new file mode 100644
index 0000000..143195e
--- /dev/null
+++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/systemtherapie/DefaultSystemtherapieService.java
@@ -0,0 +1,98 @@
+package dev.dnpm.services.systemtherapie;
+
+import dev.dnpm.dto.EcogStatusWithDate;
+import dev.dnpm.services.SettingsService;
+import de.itc.onkostar.api.IOnkostarApi;
+import de.itc.onkostar.api.Patient;
+import de.itc.onkostar.api.Procedure;
+
+import java.util.*;
+import java.util.stream.Collectors;
+
+/**
+ * Standardimplementierung des Systemtherapieservices
+ *
+ * @since 0.2.0
+ */
+public class DefaultSystemtherapieService implements SystemtherapieService {
+
+ private static final String ECOG_FIELD = "ECOGvorTherapie";
+
+ private final IOnkostarApi onkostarApi;
+
+ private final SettingsService settingsService;
+
+ public DefaultSystemtherapieService(final IOnkostarApi onkostarApi, final SettingsService settingsService) {
+ this.onkostarApi = onkostarApi;
+ this.settingsService = settingsService;
+ }
+
+ /**
+ * Ermittelt eine Zusammenfassung der systemischen Therapien für eine Erkrankung
+ *
+ * @param diseaseId Die ID der Erkrankung
+ * @return Zusammenfassung der systemischen Therapien
+ */
+ @Override
+ public List<Map<String, String>> getSystemischeTherapienFromDiagnose(int diseaseId) {
+ List<Map<String, String>> result = new ArrayList<>();
+ for (Procedure prozedur : onkostarApi.getProceduresForDiseaseByForm(diseaseId, getFormName())) {
+ prozedurToProzedurwerteMapper(prozedur).apply(prozedur).ifPresent(result::add);
+ }
+ return result;
+ }
+
+ /**
+ * Übergibt aktuell immer den Mapper für das Formular "OS.Systemische Therapie",
+ * da beide bekannte Varianten damit gemappt werden können.
+ *
+ * @param procedure Die Prozedur für die ein Mapper erstellt werden soll
+ * @return Der Mapper für die Prozedur
+ */
+ @Override
+ public ProzedurToProzedurwerteMapper prozedurToProzedurwerteMapper(Procedure procedure) {
+ return new OsSystemischeTherapieToProzedurwerteMapper();
+ }
+
+ /**
+ * Ermittelt den letzten bekannten ECOG-Status aus allen Systemtherapieformularen des Patienten
+ *
+ * @param patient Der zu verwendende Patient
+ * @return Der ECOG-Status als String oder leeres Optional
+ */
+ @Override
+ public Optional<String> latestEcogStatus(Patient patient) {
+ return ecogStatus(patient).stream()
+ .max(Comparator.comparing(EcogStatusWithDate::getDate))
+ .map(EcogStatusWithDate::getStatus);
+ }
+
+ /**
+ * Ermittelt jeden bekannten ECOG-Status aus allen Systemtherapieformularen des Patienten
+ *
+ * @param patient Der zu verwendende Patient
+ * @return Eine Liste mit Datum und ECOG-Status als String
+ */
+ @Override
+ public List<EcogStatusWithDate> ecogStatus(Patient patient) {
+ return patient.getDiseases().stream()
+ .flatMap(disease -> onkostarApi.getProceduresForDiseaseByForm(disease.getId(), getFormName()).stream())
+ .filter(procedure -> null != procedure.getStartDate())
+ .sorted(Comparator.comparing(Procedure::getStartDate))
+ .map(procedure -> {
+ try {
+ return new EcogStatusWithDate(procedure.getStartDate(), procedure.getValue(ECOG_FIELD).getString());
+ } catch (IllegalArgumentException e) {
+ return null;
+ }
+ })
+ .filter(Objects::nonNull)
+ .collect(Collectors.toList());
+ }
+
+ private String getFormName() {
+ return settingsService
+ .getSetting("systemtherapieform")
+ .orElse("OS.Systemische Therapie");
+ }
+}
diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/systemtherapie/OsSystemischeTherapieToProzedurwerteMapper.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/systemtherapie/OsSystemischeTherapieToProzedurwerteMapper.java
new file mode 100644
index 0000000..162b887
--- /dev/null
+++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/systemtherapie/OsSystemischeTherapieToProzedurwerteMapper.java
@@ -0,0 +1,90 @@
+package dev.dnpm.services.systemtherapie;
+
+import com.fasterxml.jackson.core.JsonProcessingException;
+import com.fasterxml.jackson.databind.ObjectMapper;
+import de.itc.onkostar.api.Item;
+import de.itc.onkostar.api.Procedure;
+import de.ukw.ccc.onkostar.atccodes.AtcCode;
+import org.slf4j.Logger;
+import org.slf4j.LoggerFactory;
+
+import java.util.*;
+
+/**
+ * Implementierung zum Mappen des Formulars "OS.Systemische Therapie" auf die Prozedurwerte
+ *
+ * @since 0.2.0
+ */
+public class OsSystemischeTherapieToProzedurwerteMapper implements ProzedurToProzedurwerteMapper {
+
+ private static final Logger logger = LoggerFactory.getLogger(OsSystemischeTherapieToProzedurwerteMapper.class);
+
+ @Override
+ public Optional<Map<String, String>> apply(Procedure procedure) {
+ try {
+ return Optional.of(getProzedurwerte(procedure));
+ } catch (Exception e) {
+ logger.error("Fehler beim Mappen der Prozedur auf Prozedurwerte", e);
+ return Optional.empty();
+ }
+ }
+
+ private static Map<String, String> getProzedurwerte(Procedure prozedur) {
+ List<String> wirkstoffListe = new ArrayList<>();
+ // SubstanzenCodesListe enthält die Liste der SubstanzenCodes
+ List<Map<String, String>> substanzenCodesListe = new ArrayList<>();
+
+ // alle Werte der Prozedur auslesen
+ Map<String, Item> alleWerte = prozedur.getAllValues();
+ // Prozedurwerte enthält nur die interessanten Werte
+ Map<String, String> prozedurwerte = new HashMap<>();
+ // alle Werte durchgehen und die interessanten übernehmen
+ if (alleWerte.containsKey("Beendigung")) {
+ prozedurwerte.put("Beendigung", alleWerte.get("Beendigung").getValue());
+ }
+ if (alleWerte.containsKey("Ergebnis")) {
+ prozedurwerte.put("Ergebnis", alleWerte.get("Ergebnis").getValue());
+ }
+ if (alleWerte.containsKey("Beginn")) {
+ prozedurwerte.put("Beginn", alleWerte.get("Beginn").getString());
+ }
+ if (alleWerte.containsKey("Ende")) {
+ prozedurwerte.put("Ende", alleWerte.get("Ende").getString());
+ }
+ if (alleWerte.containsKey("SubstanzenList")) {
+ List<Map<String, String>> substanzList = alleWerte.get("SubstanzenList").getValue();
+ for (var substanz : substanzList) {
+ var substanzCodes = getSubstanzCode(substanz);
+ substanzenCodesListe.add(substanzCodes);
+ wirkstoffListe.add(substanzCodes.get("substance"));
+ }
+ }
+
+ prozedurwerte.put("Wirkstoffe", String.join(", ", wirkstoffListe));
+ try {
+ ObjectMapper mapper = new ObjectMapper();
+ prozedurwerte.put("WirkstoffCodes", mapper.writeValueAsString(substanzenCodesListe));
+ } catch (JsonProcessingException e) {
+ logger.error("Kann 'WirkstoffCodes' nicht in JSON-String mappen", e);
+ }
+
+ return prozedurwerte;
+ }
+
+ private static Map<String, String> getSubstanzCode(Map<String, String> substanz) {
+ Map<String, String> substanzCode = new HashMap<>();
+ if (substanz.containsKey("Substanz")) {
+ if (AtcCode.isAtcCode(substanz.get("Substanz"))) {
+ substanzCode.put("system", "ATC");
+ } else {
+ substanzCode.put("system", "other");
+ }
+ substanzCode.put("code", substanz.get("Substanz"));
+
+ }
+ if (substanz.containsKey("Substanz_shortDescription")) {
+ substanzCode.put("substance", substanz.get("Substanz_shortDescription"));
+ }
+ return substanzCode;
+ }
+}
diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/systemtherapie/ProzedurToProzedurwerteMapper.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/systemtherapie/ProzedurToProzedurwerteMapper.java
new file mode 100644
index 0000000..2e182c0
--- /dev/null
+++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/systemtherapie/ProzedurToProzedurwerteMapper.java
@@ -0,0 +1,14 @@
+package dev.dnpm.services.systemtherapie;
+
+import de.itc.onkostar.api.Procedure;
+
+import java.util.Map;
+import java.util.Optional;
+import java.util.function.Function;
+
+/**
+ * Mapper um ein Systemtherapieformular in eine Optional-Map mit Prozedurwerten umzuwandeln
+ *
+ * @since 0.2.0
+ */
+public interface ProzedurToProzedurwerteMapper extends Function<Procedure, Optional<Map<String, String>>> {}
diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/services/systemtherapie/SystemtherapieService.java b/src/main/java/dev/dnpm/services/systemtherapie/SystemtherapieService.java
new file mode 100644
index 0000000..8069da6
--- /dev/null
+++ b/src/main/java/dev/dnpm/services/systemtherapie/SystemtherapieService.java
@@ -0,0 +1,29 @@
+package dev.dnpm.services.systemtherapie;
+
+import dev.dnpm.services.TherapieMitEcogService;
+import de.itc.onkostar.api.Procedure;
+
+import java.util.List;
+import java.util.Map;
+
+/**
+ * Service für Systemtherapieformulare
+ *
+ * @since 0.2.0
+ */
+public interface SystemtherapieService extends TherapieMitEcogService {
+ /**
+ * Ermittelt eine Zusammenfassung der systemischen Therapien für eine Erkrankung
+ * @param diseaseId Die ID der Erkrankung
+ * @return Die Zusammenfassung der systemischen Therapien
+ */
+ List<Map<String, String>> getSystemischeTherapienFromDiagnose(int diseaseId);
+
+ /**
+ * Erstellt den Mapper for die Prozedur
+ * @param procedure Die Prozedur für die ein Mapper erstellt werden soll
+ * @return Der erstellte ProzedurToProzedurwerteMapper
+ */
+ ProzedurToProzedurwerteMapper prozedurToProzedurwerteMapper(Procedure procedure);
+
+}