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diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/oshelper/services/systemtherapie/DefaultSystemtherapieService.java b/src/main/java/dev/dnpm/oshelper/services/systemtherapie/DefaultSystemtherapieService.java index 7c73dbe..22c7f13 100644 --- a/src/main/java/dev/dnpm/oshelper/services/systemtherapie/DefaultSystemtherapieService.java +++ b/src/main/java/dev/dnpm/oshelper/services/systemtherapie/DefaultSystemtherapieService.java @@ -19,12 +19,11 @@ package dev.dnpm.oshelper.services.systemtherapie; -import dev.dnpm.oshelper.dto.EcogStatusWithDate; -import dev.dnpm.oshelper.services.SettingsService; import de.itc.onkostar.api.IOnkostarApi; import de.itc.onkostar.api.Patient; import de.itc.onkostar.api.Procedure; - +import dev.dnpm.oshelper.dto.EcogStatusWithDate; +import dev.dnpm.oshelper.services.SettingsService; import java.util.*; import java.util.stream.Collectors; @@ -35,83 +34,86 @@ import java.util.stream.Collectors; */ public class DefaultSystemtherapieService implements SystemtherapieService { - private static final String ECOG_FIELD = "ECOGvorTherapie"; + private static final String ECOG_FIELD = "ECOGvorTherapie"; - private final IOnkostarApi onkostarApi; + private final IOnkostarApi onkostarApi; - private final SettingsService settingsService; + private final SettingsService settingsService; - public DefaultSystemtherapieService(final IOnkostarApi onkostarApi, final SettingsService settingsService) { - this.onkostarApi = onkostarApi; - this.settingsService = settingsService; - } + public DefaultSystemtherapieService( + final IOnkostarApi onkostarApi, final SettingsService settingsService) { + this.onkostarApi = onkostarApi; + this.settingsService = settingsService; + } - /** - * Ermittelt eine Zusammenfassung der systemischen Therapien für eine Erkrankung - * - * @param diseaseId Die ID der Erkrankung - * @return Zusammenfassung der systemischen Therapien - */ - @Override - public List<Map<String, String>> getSystemischeTherapienFromDiagnose(int diseaseId) { - List<Map<String, String>> result = new ArrayList<>(); - for (Procedure prozedur : onkostarApi.getProceduresForDiseaseByForm(diseaseId, getFormName())) { - prozedurToProzedurwerteMapper(prozedur).apply(prozedur).ifPresent(result::add); - } - return result; + /** + * Ermittelt eine Zusammenfassung der systemischen Therapien für eine Erkrankung + * + * @param diseaseId Die ID der Erkrankung + * @return Zusammenfassung der systemischen Therapien + */ + @Override + public List<Map<String, String>> getSystemischeTherapienFromDiagnose(int diseaseId) { + List<Map<String, String>> result = new ArrayList<>(); + for (Procedure prozedur : onkostarApi.getProceduresForDiseaseByForm(diseaseId, getFormName())) { + prozedurToProzedurwerteMapper(prozedur).apply(prozedur).ifPresent(result::add); } + return result; + } - /** - * Übergibt aktuell immer den Mapper für das Formular "OS.Systemische Therapie", - * da beide bekannte Varianten damit gemappt werden können. - * - * @param procedure Die Prozedur für die ein Mapper erstellt werden soll - * @return Der Mapper für die Prozedur - */ - @Override - public ProzedurToProzedurwerteMapper prozedurToProzedurwerteMapper(Procedure procedure) { - return new OsSystemischeTherapieToProzedurwerteMapper(); - } + /** + * Übergibt aktuell immer den Mapper für das Formular "OS.Systemische Therapie", da beide bekannte + * Varianten damit gemappt werden können. + * + * @param procedure Die Prozedur für die ein Mapper erstellt werden soll + * @return Der Mapper für die Prozedur + */ + @Override + public ProzedurToProzedurwerteMapper prozedurToProzedurwerteMapper(Procedure procedure) { + return new OsSystemischeTherapieToProzedurwerteMapper(); + } - /** - * Ermittelt den letzten bekannten ECOG-Status aus allen Systemtherapieformularen des Patienten - * - * @param patient Der zu verwendende Patient - * @return Der ECOG-Status als String oder leeres Optional - */ - @Override - public Optional<String> latestEcogStatus(Patient patient) { - return ecogStatus(patient).stream() - .max(Comparator.comparing(EcogStatusWithDate::getDate)) - .map(EcogStatusWithDate::getStatus); - } + /** + * Ermittelt den letzten bekannten ECOG-Status aus allen Systemtherapieformularen des Patienten + * + * @param patient Der zu verwendende Patient + * @return Der ECOG-Status als String oder leeres Optional + */ + @Override + public Optional<String> latestEcogStatus(Patient patient) { + return ecogStatus(patient).stream() + .max(Comparator.comparing(EcogStatusWithDate::getDate)) + .map(EcogStatusWithDate::getStatus); + } - /** - * Ermittelt jeden bekannten ECOG-Status aus allen Systemtherapieformularen des Patienten - * - * @param patient Der zu verwendende Patient - * @return Eine Liste mit Datum und ECOG-Status als String - */ - @Override - public List<EcogStatusWithDate> ecogStatus(Patient patient) { - return patient.getDiseases().stream() - .flatMap(disease -> onkostarApi.getProceduresForDiseaseByForm(disease.getId(), getFormName()).stream()) - .filter(procedure -> null != procedure.getStartDate()) - .sorted(Comparator.comparing(Procedure::getStartDate)) - .map(procedure -> { - try { - return new EcogStatusWithDate(procedure.getStartDate(), procedure.getValue(ECOG_FIELD).getString()); - } catch (IllegalArgumentException e) { - return null; - } - }) - .filter(Objects::nonNull) - .collect(Collectors.toList()); - } + /** + * Ermittelt jeden bekannten ECOG-Status aus allen Systemtherapieformularen des Patienten + * + * @param patient Der zu verwendende Patient + * @return Eine Liste mit Datum und ECOG-Status als String + */ + @Override + public List<EcogStatusWithDate> ecogStatus(Patient patient) { + return patient.getDiseases().stream() + .flatMap( + disease -> + onkostarApi.getProceduresForDiseaseByForm(disease.getId(), getFormName()).stream()) + .filter(procedure -> null != procedure.getStartDate()) + .sorted(Comparator.comparing(Procedure::getStartDate)) + .map( + procedure -> { + try { + return new EcogStatusWithDate( + procedure.getStartDate(), procedure.getValue(ECOG_FIELD).getString()); + } catch (IllegalArgumentException e) { + return null; + } + }) + .filter(Objects::nonNull) + .collect(Collectors.toList()); + } - private String getFormName() { - return settingsService - .getSetting("systemtherapieform") - .orElse("OS.Systemische Therapie"); - } + private String getFormName() { + return settingsService.getSetting("systemtherapieform").orElse("OS.Systemische Therapie"); + } } diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/oshelper/services/systemtherapie/OsSystemischeTherapieToProzedurwerteMapper.java b/src/main/java/dev/dnpm/oshelper/services/systemtherapie/OsSystemischeTherapieToProzedurwerteMapper.java index f671381..0e7455d 100644 --- a/src/main/java/dev/dnpm/oshelper/services/systemtherapie/OsSystemischeTherapieToProzedurwerteMapper.java +++ b/src/main/java/dev/dnpm/oshelper/services/systemtherapie/OsSystemischeTherapieToProzedurwerteMapper.java @@ -24,11 +24,10 @@ import com.fasterxml.jackson.databind.ObjectMapper; import de.itc.onkostar.api.Item; import de.itc.onkostar.api.Procedure; import dev.dnpm.oshelper.atc.AtcCode; +import java.util.*; import org.slf4j.Logger; import org.slf4j.LoggerFactory; -import java.util.*; - /** * Implementierung zum Mappen des Formulars "OS.Systemische Therapie" auf die Prozedurwerte * @@ -36,74 +35,74 @@ import java.util.*; */ public class OsSystemischeTherapieToProzedurwerteMapper implements ProzedurToProzedurwerteMapper { - private static final Logger logger = LoggerFactory.getLogger(OsSystemischeTherapieToProzedurwerteMapper.class); + private static final Logger logger = + LoggerFactory.getLogger(OsSystemischeTherapieToProzedurwerteMapper.class); - @Override - public Optional<Map<String, String>> apply(Procedure procedure) { - try { - return Optional.of(getProzedurwerte(procedure)); - } catch (Exception e) { - logger.error("Fehler beim Mappen der Prozedur auf Prozedurwerte", e); - return Optional.empty(); - } + @Override + public Optional<Map<String, String>> apply(Procedure procedure) { + try { + return Optional.of(getProzedurwerte(procedure)); + } catch (Exception e) { + logger.error("Fehler beim Mappen der Prozedur auf Prozedurwerte", e); + return Optional.empty(); } + } - private static Map<String, String> getProzedurwerte(Procedure prozedur) { - List<String> wirkstoffListe = new ArrayList<>(); - // SubstanzenCodesListe enthält die Liste der SubstanzenCodes - List<Map<String, String>> substanzenCodesListe = new ArrayList<>(); + private static Map<String, String> getProzedurwerte(Procedure prozedur) { + List<String> wirkstoffListe = new ArrayList<>(); + // SubstanzenCodesListe enthält die Liste der SubstanzenCodes + List<Map<String, String>> substanzenCodesListe = new ArrayList<>(); - // alle Werte der Prozedur auslesen - Map<String, Item> alleWerte = prozedur.getAllValues(); - // Prozedurwerte enthält nur die interessanten Werte - Map<String, String> prozedurwerte = new HashMap<>(); - // alle Werte durchgehen und die interessanten übernehmen - if (alleWerte.containsKey("Beendigung")) { - prozedurwerte.put("Beendigung", alleWerte.get("Beendigung").getValue()); - } - if (alleWerte.containsKey("Ergebnis")) { - prozedurwerte.put("Ergebnis", alleWerte.get("Ergebnis").getValue()); - } - if (alleWerte.containsKey("Beginn")) { - prozedurwerte.put("Beginn", alleWerte.get("Beginn").getString()); - } - if (alleWerte.containsKey("Ende")) { - prozedurwerte.put("Ende", alleWerte.get("Ende").getString()); - } - if (alleWerte.containsKey("SubstanzenList")) { - List<Map<String, String>> substanzList = alleWerte.get("SubstanzenList").getValue(); - for (var substanz : substanzList) { - var substanzCodes = getSubstanzCode(substanz); - substanzenCodesListe.add(substanzCodes); - wirkstoffListe.add(substanzCodes.get("substance")); - } - } - - prozedurwerte.put("Wirkstoffe", String.join(", ", wirkstoffListe)); - try { - ObjectMapper mapper = new ObjectMapper(); - prozedurwerte.put("WirkstoffCodes", mapper.writeValueAsString(substanzenCodesListe)); - } catch (JsonProcessingException e) { - logger.error("Kann 'WirkstoffCodes' nicht in JSON-String mappen", e); - } + // alle Werte der Prozedur auslesen + Map<String, Item> alleWerte = prozedur.getAllValues(); + // Prozedurwerte enthält nur die interessanten Werte + Map<String, String> prozedurwerte = new HashMap<>(); + // alle Werte durchgehen und die interessanten übernehmen + if (alleWerte.containsKey("Beendigung")) { + prozedurwerte.put("Beendigung", alleWerte.get("Beendigung").getValue()); + } + if (alleWerte.containsKey("Ergebnis")) { + prozedurwerte.put("Ergebnis", alleWerte.get("Ergebnis").getValue()); + } + if (alleWerte.containsKey("Beginn")) { + prozedurwerte.put("Beginn", alleWerte.get("Beginn").getString()); + } + if (alleWerte.containsKey("Ende")) { + prozedurwerte.put("Ende", alleWerte.get("Ende").getString()); + } + if (alleWerte.containsKey("SubstanzenList")) { + List<Map<String, String>> substanzList = alleWerte.get("SubstanzenList").getValue(); + for (var substanz : substanzList) { + var substanzCodes = getSubstanzCode(substanz); + substanzenCodesListe.add(substanzCodes); + wirkstoffListe.add(substanzCodes.get("substance")); + } + } - return prozedurwerte; + prozedurwerte.put("Wirkstoffe", String.join(", ", wirkstoffListe)); + try { + ObjectMapper mapper = new ObjectMapper(); + prozedurwerte.put("WirkstoffCodes", mapper.writeValueAsString(substanzenCodesListe)); + } catch (JsonProcessingException e) { + logger.error("Kann 'WirkstoffCodes' nicht in JSON-String mappen", e); } - private static Map<String, String> getSubstanzCode(Map<String, String> substanz) { - Map<String, String> substanzCode = new HashMap<>(); - if (substanz.containsKey("Substanz")) { - if (AtcCode.isAtcCode(substanz.get("Substanz"))) { - substanzCode.put("system", "ATC"); - } else { - substanzCode.put("system", "other"); - } - substanzCode.put("code", substanz.get("Substanz")); + return prozedurwerte; + } - } - if (substanz.containsKey("Substanz_shortDescription")) { - substanzCode.put("substance", substanz.get("Substanz_shortDescription")); - } - return substanzCode; + private static Map<String, String> getSubstanzCode(Map<String, String> substanz) { + Map<String, String> substanzCode = new HashMap<>(); + if (substanz.containsKey("Substanz")) { + if (AtcCode.isAtcCode(substanz.get("Substanz"))) { + substanzCode.put("system", "ATC"); + } else { + substanzCode.put("system", "other"); + } + substanzCode.put("code", substanz.get("Substanz")); + } + if (substanz.containsKey("Substanz_shortDescription")) { + substanzCode.put("substance", substanz.get("Substanz_shortDescription")); } + return substanzCode; + } } diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/oshelper/services/systemtherapie/ProzedurToProzedurwerteMapper.java b/src/main/java/dev/dnpm/oshelper/services/systemtherapie/ProzedurToProzedurwerteMapper.java index e2af851..c8a6829 100644 --- a/src/main/java/dev/dnpm/oshelper/services/systemtherapie/ProzedurToProzedurwerteMapper.java +++ b/src/main/java/dev/dnpm/oshelper/services/systemtherapie/ProzedurToProzedurwerteMapper.java @@ -20,7 +20,6 @@ package dev.dnpm.oshelper.services.systemtherapie; import de.itc.onkostar.api.Procedure; - import java.util.Map; import java.util.Optional; import java.util.function.Function; @@ -30,4 +29,5 @@ import java.util.function.Function; * * @since 0.2.0 */ -public interface ProzedurToProzedurwerteMapper extends Function<Procedure, Optional<Map<String, String>>> {} +public interface ProzedurToProzedurwerteMapper + extends Function<Procedure, Optional<Map<String, String>>> {} diff --git a/src/main/java/dev/dnpm/oshelper/services/systemtherapie/SystemtherapieService.java b/src/main/java/dev/dnpm/oshelper/services/systemtherapie/SystemtherapieService.java index 63216a0..2be4cc4 100644 --- a/src/main/java/dev/dnpm/oshelper/services/systemtherapie/SystemtherapieService.java +++ b/src/main/java/dev/dnpm/oshelper/services/systemtherapie/SystemtherapieService.java @@ -19,30 +19,30 @@ package dev.dnpm.oshelper.services.systemtherapie; -import dev.dnpm.oshelper.services.TherapieMitEcogService; import de.itc.onkostar.api.Procedure; - +import dev.dnpm.oshelper.services.TherapieMitEcogService; import java.util.List; import java.util.Map; /** * Service für Systemtherapieformulare * - * @since 0.2.0 + * @since 0.2.0 */ public interface SystemtherapieService extends TherapieMitEcogService { - /** - * Ermittelt eine Zusammenfassung der systemischen Therapien für eine Erkrankung - * @param diseaseId Die ID der Erkrankung - * @return Die Zusammenfassung der systemischen Therapien - */ - List<Map<String, String>> getSystemischeTherapienFromDiagnose(int diseaseId); - - /** - * Erstellt den Mapper for die Prozedur - * @param procedure Die Prozedur für die ein Mapper erstellt werden soll - * @return Der erstellte ProzedurToProzedurwerteMapper - */ - ProzedurToProzedurwerteMapper prozedurToProzedurwerteMapper(Procedure procedure); + /** + * Ermittelt eine Zusammenfassung der systemischen Therapien für eine Erkrankung + * + * @param diseaseId Die ID der Erkrankung + * @return Die Zusammenfassung der systemischen Therapien + */ + List<Map<String, String>> getSystemischeTherapienFromDiagnose(int diseaseId); + /** + * Erstellt den Mapper for die Prozedur + * + * @param procedure Die Prozedur für die ein Mapper erstellt werden soll + * @return Der erstellte ProzedurToProzedurwerteMapper + */ + ProzedurToProzedurwerteMapper prozedurToProzedurwerteMapper(Procedure procedure); } |